17 czerwca 1998 roku w meczu ostatniej kolejki trzeciej ligi JKS przegrał w Gorlicach z miejscowym Glinikiem 1:3. Spotkanie to nie miało większego znaczenia dla układu tabeli, gdyż oba kluby już wcześniej straciły szanse na utrzymanie, i było jedynie pożegnaniem obu zespołów z tą klasą rozgrywkową. Wówczas chyba nawet najwięksi pesymiści nie sądzili, że na ponowny występ jarosławskich piłkarzy w trzeciej lidze przyjdzie wszystkim czekać długich piętnaście lat.

Jaki był powód, że czarno-niebieskich nie było na tym szczeblu rozgrywek przez okres, który w piłce nożnej równa się niemal całemu pokoleniu? Nie jest tajemnicą, że klub nigdy przez ten czas nie był oazą spokoju, gdzie nie narzekało się na brak funduszy. Nawet dziś, gdy sytuacja jest najspokojniejsza od kilku lat, JKS nie jest zaliczany do krezusów. Przede wszystkim jednak w sporcie, szczególnie w grach zespołowych, trudno osiągnąć sukces, jeśli co chwilę zmienia się trenerów.

Tak było właśnie z drużyną z ulicy Bandurskiego. Może trudno w to uwierzyć, ale od ostatniego pobytu JKS w trzeciej lidze przez ławkę trenerską czarno-niebieskich przewinęło się aż siedemnaście nazwisk. A jeśli pod uwagę weźmie się fakt, że część spośród szkoleniowców prowadziła zespół dwu-, a nawet trzykrotnie, to okaże się, że jedna kadencja trenera JKS trwała średnio… osiem miesięcy!

Pierwszym, który objął zespół po degradacji z trzeciej ligi w 1998 roku, był obecny opiekun Piasta Tuczempy, Marek Strawa. Przed drużyną stawiano trudne zadanie walki o powrót na trzeci front, ale mimo starań nie udało się przeskoczyć najrówniej grającej Stali Rzeszów. Marek Strawa przygotowywał zespół także do kolejnego sezonu 1999/2000, ale po porażce w 3. kolejce z Dynovią Dynów (1:3) zastąpił go Ryszard Kulpa. Znakomity bramkarz, który pełnił funkcję grającego trenera, także niezbyt długo cieszył się z posady, gdyż już w połowie września 1999 roku po porażce 0:3 z Syrenką Roźwienica skupił się jedynie na występach na boisku, zaś na ławkę powrócił Strawa. Po rundzie jesiennej zespół zajmował odległe 12. miejsce w tabeli, dlatego zimą klub poszukał wzmocnień oraz nowego szkoleniowca. Został nim rzeszowianin Marek Chlewicki, ale o ile przygotował on zespół do rundy wiosennej, to już poprowadzić go w niej dane mu było zaledwie dwa razy, po czym z powodów pozasportowych musiał opuścić klub.

Jego następcą został Jerzy Daniło. Dobrze znany w regionie szkoleniowiec prowadził JKS do końca 2000 roku. Wyniki wychowanek Stali Sanok miał bardzo dobre - jarosławianie zakończyli sezon 1999/2000 na szóstym miejscu, by w połowie kolejnych rozgrywek 2000/01 uplasować się na pozycji lidera tabeli. Trudna sytuacja finansowa nie pozwalała jednak na awans, toteż Danile podziękowano, a zatrudniono trenerów miejscowych, najpierw Józefa Maciaszka, a następnie Marka Strenczaka.

Żadnemu z nich nie dane było jednak przygotowywać drużyny do kolejnego sezonu 2001/02. Na ławce trenerskiej po zakończeniu kariery piłkarskiej zasiadł ponownie Ryszard Kulpa. JKS grał jednak w kratkę, więc po siódmej ligowej porażce działacze znów zaczęli szukać pomocy poza Jarosławiem. Uratować zespół miał pochodzący spod Rzeszowa Jan Kustra. Nie uratował, bowiem JKS najpierw zakończył jesień na miejscu piętnastym, a na koniec rozgrywek poprawił się tylko o jedną lokatę i musiał spaść do „okręgówki”.

Drużynę po degradacji opuściła zdecydowana większość doświadczonych graczy. Trudne zadanie poprowadzenia odmłodzonego zespołu powierzono młodemu trenerowi - Jackowi Mikłaszowi. Wychowanek jarosławskiego klubu osiągnął ze swoimi podopiecznymi duży sukces wygrywając klasę okręgową i już po roku wracając na boiska czwartej ligi. Po awansie trenerowi pogratulowano i… podziękowano za pracę, zastępując go Wiesławem Czerwińskim. W trudnym sezonie 2003/04, w którym część drużyn czwartej ligi miała bronić się przed spadkiem w barażach, JKS prezentował się bardzo dobrze i po jesieni zajmował szóste miejsce, najlepsze spośród wszystkich beniaminków. Wiosną trener Czerwiński odszedł z powodów osobistych, a poszukiwania jego następcy trwały dobre dwa tygodnie (tymczasowo drużynę prowadził Petro Holubka). Ostatecznie zarząd doszedł do porozumienia z Jackiem Mikłaszem, który zakończył sezon na siódmym miejscu.

Jego podopieczni jesienią 2004 roku początkowo spisywali się fantastycznie, będąc przez pewien czas nawet liderami rozgrywek. Niestety, rundę zakończyli na jedenastym miejscu, a trudna sytuacja finansowa nie pozostała bez wpływu na kadrę w zimowym oknie transferowym. Osłabiony zespół wiosną 2005 roku poprowadził już Krzysztof Stefanowski, któremu nie udało się uratować jarosławian przed spadkiem do klasy okręgowej.

W czasie dwuletniego pobytu w „okręgówce” JKS prowadziło w sumie trzech trenerów. W sezonie 2005/06 był nim najpierw Stefanowski, a następnie Henryk Rożek, zaś rok później po raz trzeci czarno-niebieskich objął Jacek Mikłasz. Jako cel otrzymał wywalczenie awansu w ciągu dwóch lat. Udało się już w pierwszym roku pracy na Bandurskiego. Pod jego opieką zespół przystąpił także do rozgrywek 2007/08, ale w czwartej lidze czarno-niebieskim szło jak po grudzie. Mikłasz ostatecznie podał się do dymisji po kompromitującej klęsce 3:8 z Koroną Rzeszów. Zastąpił go przemyślanin Paweł Strzelecki, a w ostatnim meczu pełniący dotychczas funkcję asystenta Jerzy Kłopot.

Przed sezonem 2008/09 dwuletnią umowę z klubem podpisał Jerzy Strączkowski, który wcześniej prowadził zespół w sezonie 1994/95, a w latach 80. odnosił olbrzymie sukcesy z grupami młodzieżowymi JKS. Pierwszą rundę jarosławianie zakończyli na znakomitym piątym miejscu, by na finiszu uplasować się na ósmej lokacie. Zawirowania organizacyjne w klubie latem 2009 roku nie pozostały bez wpływu na przygotowania do nowego sezonu, w którym za bardzo słabą postawę piłkarzy posadą zapłacił trener Strączkowski. Rundę jesienną dokończył za niego Bogusław Noga, a wiosną zadanie uratowania czwartej ligi otrzymał pochodzący z Ostrowca Świętokrzyskiego Jarosław Zając. Wzmocniony solidnie zespół, w którym po raz pierwszy w historii klubu grało jednocześnie aż pięciu obcokrajowców, utrzymał się w lidze, a na półmetku sezonu 2010/11 zdobył mistrzostwo jesieni. Trener Zając nie dokończył jednak rozgrywek, a jedenastkę, w której zachodziły kolejne zmiany kadrowe poprowadził doświadczony szkoleniowiec z Krakowa, Stefan Pietraszewski. Osłabiony zespół do końca sezonu walczył o miejsce premiowane awansem, ale na samym finiszu musiał uznać wyższość Strumyka Malawa. Do rozgrywek 2011/12 drużynę przygotowywał Jerzy Daniło, ale jego druga przygoda z jarosławskim klubem trwała zaledwie pół roku. Pod jego wodzą JKS ukończył rundę jesienną na odległym 13. miejscu.

Tym, który miał utrzymać czwartą ligę dla Jarosławia był wychowanek Polnej Przemyśl, Paweł Załoga. Obecny grający trener JKS jest przykładem, że aby osiągnąć sukces trzeba dać szkoleniowcowi pracować w spokoju przez okres dłuższy niż rok. Początek miał on wprawdzie trudny, ale ostatecznie „wywindował” czarno-niebieskich na szóste miejsce w tabeli, a w kolejnym sezonie 2012/13 wywalczył dla naszego klubu i miasta pierwszy od półtora dekady awans do trzeciej ligi.